Indywidualny program to plan pracy z dzieckiem ustalony przez specjalistów. Plan ten odnosi się do konkretnych deficytów, które posiada dziecko. Program jest przygotowany w odniesieniu do Profilu Rozwoju dziecka – ewentualne deficyty wyznacza krzywa zarysowana na wykresie diagnozy. Program powinien uwzględniać wskazania z diagnozy. Wskazania te powinny być ogólne oraz szczegółowe określone jako cele operacyjne.

Program zawiera również dokładne procedury ćwiczeń. Procedury te są przygotowane czytelnie i jasno co ułatwia ich realizację w warunkach domowych. Każdy program ma określony czas realizacji, powinien też być poddawany okresowej ocenie co do skuteczności postępowania terapeutycznego (nigdy nie istnieje gwarancja, że zaproponowane ćwiczenia w szybkim tempie pomogą dziecku). Indywidualne programy pisane przez zespół PCTP oprócz szczegółowych procedur podłączone mają również zestawy pomocy dydaktycznych, które potrzebne są do realizacji niektórych ćwiczeń. Rodzic nie musi ich samodzielnie wykonywać.